Urodził się 15 maja 1976 roku w Kamieńsku, jednak pierwsze futbolowe kroki stawiał w rodzinnych Chrzanowicach. Jest wychowankiem tamtejszego LZS-u, którego barw bronił do połowy 1994 roku. W wieku osiemnastu lat zdecydował się bowiem zmienić klub na RKS Radomsko, występujący wtedy w trzeciej lidze. Z tym zespołem Krzynówek wywalczył awans na zaplecze ekstraklasy, a po kolejnym sezonie zaliczył debiut w najwyższej klasie rozgrywkowej. Nie znalazł się w niej jednak dzięki kolejnemu awansowi z RKS-em. W sezonie 1996/1997 był już zawodnikiem Rakowa Częstochowa i to właśnie jako piłkarz tego zespołu debiutował w lidze.

Było to dokładnie 28 lipca 1996 roku. Częstochowian podejmował u siebie GKS Katowice, a Jacek Krzynówek znalazł się w pierwszym składzie Rakowa, który do przerwy prowadził 1:0. Na drugą połowę debiutant już jednak nie wyszedł – zastąpił go Andrzej Dziedzic. Gospodarze tuż po wznowieniu gry zdołali doprowadzić do wyrównania, a w 80. minucie rozstrzygnęli spotkanie na swoją korzyść. Debiut piłkarza z Chrzanowic nie był więc szczególnie udany. W sezonie 1996/1997 Krzynówek rozegrał w barwach Rakowa łącznie 17 meczów, w których nie zdobył gola. Po sezonie znów występował na zapleczu ekstraklasy, a to w związku z przenosinami do Bełchatowa.

Tamtejszy GKS w sezonie 1997/1998 występował bowiem w drugiej lidze. Nowy zawodnik tego klubu przyczynił się do zajęcia przez bełchatowian pierwszego miejsca w grupie wschodniej, co oznaczało awans do ekstraklasy. Kolejny rok w najwyższej klasie rozgrywkowej dla gracza, który miał już za sobą pierwsze doświadczenia w tej lidze, okazał się udany. Krzynówek wystąpił w 27 spotkaniach, zdobywając w nich sześć bramek. Pierwsze ekstraklasowe trafienie zaliczył 9 września 1998 roku w meczu przeciwko… GKS-owi Katowice. Mimo premierowego gola pomocnika, górą ponownie był zespół z Górnego Śląska, który zwyciężył 2:1. Na sześć bramek zdobytych w tamtym sezonie, przyszły reprezentant Polski czterokrotnie trafiał z rzutów karnych.

Jego postawa w sezonie 1998/1999 nie przeszła bez echa. Krzynówek otrzymał pierwsze powołanie do seniorskiej reprezentacji od ówczesnego selekcjonera Janusza Wójcika. 10 listopada 1998 roku zadebiutował w kadrze. Wszedł na boisko w 82. minucie towarzyskiego meczu ze Słowacją rozgrywanego w Bratysławie, zmieniając strzelca dwóch goli – Wojciecha Kowalczyka. W drużynie „Wójta” wprawdzie nie zagrzał na dłużej miejsca, ale kolejny trener reprezentacji – Jerzy Engel, uczynił z lewego pomocnika jeden z filarów narodowego zespołu, od początku stawiając na piłkarza występującego już na zapleczu Bundesligi.

Kariera Jacka Krzynówka rozwijała się bowiem dosyć szybko. W 1999 roku przeszedł do drużyny 1. FC Nürnberg, spędzając z nią dwa lata w 2. Bundeslidze. Skrzydłowy spisywał się bardzo dobrze – w premierowym sezonie zaliczył 33 mecze i zdobył 4 gole, a rok później statystyki miał jeszcze bardziej okazałe. Wystąpił w 34 spotkaniach, w których strzelił 6 bramek. W sezonie 2000/2001 norymberczycy wywalczyli awans do najwyższej klasy rozgrywkowej w Niemczech i Krzynówek zadebiutował w Bundeslidze. W debiutanckim roku zaliczył 29 występów i 5 goli, a jego zespół uplasował się na 15. pozycji – ostatniej, dającej utrzymanie.

Później Krzynówka czekał pierwszy wielki międzynarodowy turniej w karierze. Przed mistrzostwami świata w Korei i Japonii był jednym z regularnie powoływanych graczy reprezentacji i w eliminacjach mundialu nie wystąpił tylko w jednym meczu polskiej drużyny. W turnieju finałowym pomocnik wybiegał na boisko w pierwszej jedenastce we wszystkich trzech spotkaniach, ale Polacy ulegli gospodarzom oraz Portugalczykom, a wygrana ze Stanami Zjednoczonymi na otarcie łez nie zmieniła tego, że po fazie grupowej kadrowicze Engela musieli pakować walizki. Pierwszy mundial nie okazał się dla Krzynówka udany, a w sezonie 2002/2003 wychowanek LZS-u Chrzanowice przeżywał kolejne rozczarowanie – zespół 1. FC Nürnberg nie zdołał utrzymać się w Bundeslidze.

Polski piłkarz w drugiej lidze spędził jednak tylko sezon, gdyż drużyna z Norymbergi szybko wróciła do grona najlepszych, zajmując pierwsze miejsce w 2. Bundeslidze. Ogromną rolę w awansie do najwyższej klasy rozgrywkowej odegrał Jacek Krzynówek, który w 29 meczach zdobył 12 goli. Dobra postawa zaowocowała przenosinami do Bayeru Leverkusen – trzeciego zespołu poprzedniego sezonu. Wtedy właśnie nastąpił błyskawiczny rozwój kariery Jacka Krzynówka. Piłkarz świetnie spisywał się Bundeslidze i Lidze Mistrzów, zdobywając pamiętne gole w meczach z Realem Madryt, AS Romą i Liverpoolem. W latach 2003-2004 był jednym z najlepszych polskich zawodników, czego dowodem dwa tytuły Piłkarza Roku przyznane przez tygodnik „Piłka Nożna”.

Później było to, co wszyscy doskonale pamiętają – występy w kolejnych zespołach Bundesligi – WfL Wolfsburg oraz Hannower 96, a także następne mecze w reprezentacji Polski u kolejnych selekcjonerów – Pawła Janasa i Leo Beenhakkera. Jednym z najbardziej pamiętnych momentów związanych z Jackiem Krzynówkiem jest z pewnością mecz z Portugalią w Lizbonie w eliminacjach Euro 2008. Potężna bomba z dystansu polskiego skrzydłowego dała naszym reprezentantom cenny remis, który okazał się kluczowy w walce o pierwsze miejsce w grupie. Na mistrzostwach Europy, podobnie jak dwa lata wcześniej podczas mundialu w Niemczech, Polacy spisali się jednak słabo i znów odpadli po trzech meczach. Marnym pocieszeniem dla Krzynówka był fakt, że jako jedyny polski zawodnik wystąpił we wszystkich dziewięciu spotkaniach turniejów finałowych, w których brała udział reprezentacja w latach 2002-2008.

Drużyna Hannoweru 96 była ostatnim klubem w karierze Jacka Krzynówka. Jego przygodę z futbolem skróciła kontuzja kolana. Piłkarz oficjalnie ogłosił definitywny koniec gry dopiero w 2011 roku, ale od dwóch lat nie występował już na boisku. Ostatni profesjonalny mecz rozegrał w listopadzie 2009 roku, a później leczył wspomniany uraz. Oficjalna strona Hannoweru już w 2010 roku podała informację o zakończeniu przez Polaka kariery, ale sam piłkarz ją zdementował. Twierdził, że może jeszcze grać, wspominał nawet o chęci powrotu do jednej z krajowych drużyn, ale ostatecznie tak się nie stało. 11 maja 2012 roku w Radomsku odbył się benefis Jacka Krzynówka, czyli mecz, w którym wystąpili jego koledzy z boiska – m.in. Jerzy Dudek, Jacek Bąk czy Tomasz Kłos. Było to oficjalne pożegnanie 96-krotnego reprezentanta Polski z futbolem.