Grzegorz Kotowicz od 1984 do 1994 roku występował  w barwach Rafinerii Czechowice, zaś od 1995 do zakończenia kariery w 2001 roku pływał w Posnanii Poznań.

Grzegorz Kotowicz wielokrotnie zdobywał tytuł mistrza kraju. Dwa razy Mistrzostwo Polski zdobył w konkurencji K-1 200 m w 1997 i 1998 roku,na dystansie K-1 500 m najlepszy w kraju był pięć razy w 1997, 1998, 1999, 2000 oraz w  2001 roku. Grzegorz Kotowicz Mistrzem Polski był jeszcze na dystansach: K-1 10000 m w 1993 roku, K-2 200 m w 1997 roku,  K-2 1000 m  w 1997, 1998, 2000 roku jak i  K-4 500 m w 2000 roku.  W swoim sportowym dorobku Kotowicz ma siedem medali Mistrzostw Świata, w tym trzy srebrne. Pierwszy zdobyty w 1994 roku w Meksyku w K-4 1000 m w załodze z  Piotrem Markiewiczem, Markiem Witkowskim i Adamem Wysockim. Dwa kolejne srebrne krążki Mistrzostw Świata Grzegorz Kotowicz zdobył w 1997 roku w Datrmouth w K-1 500 m i K-1 200 m. Brązowym medalistą Mistrzostw Świata Grzegorz Kotowicz został czterokrotnie, w 1995 roku w Duisburgu w K-4 500 m z Grzegorzem Kaletą, Markiem Witkowskim i Dariuszem Białkowskim, podczas tych samych zawodów w K-2 1000 m z Dariuszem Białkowskim. Kolejny brąz zdobył również z Dariuszem Białkowskim w 1997 roku w Darthmond w K-2 1000 m. Ostatni w swojej karierze brązowy medal Mistrzostw Świata Grzegorz Kotowicz zdobył w Mediolanie w 1999 roku w K-1 500 m. W 1999 roku w Zagrzebiu Grzegorz Kotowicz wraz z Adamem Seroczyńskim, Markiem Witkowskim i  Dariuszem Białkowskim został Mistrzem Europy w K-4 1000 m. Czterokrotnie zaś zdobywał srebrny medal Mistrzostw Europy, w 1997 roku w Płowdiw w K-1 200 i 500 m jak i  K-2 1000 m, z Dariuszem Białkowskim oraz w 1999 roku w Zagrzebiu w K-1 500 m.

Grzegorz Kotowicz trzy razy reprezentował Polskę podczas Igrzysk Olimpijskich. W 1992 roku w Barcelonie w parze z Dariuszem Białkowskim zdobył brązowy medal w K-2 1000 m. w indywidualnym występie w K-1 500 m uplasował się na ósmej pozycji. Cztery lata później w Atlancie brał udział tylko w K-2 1000 m, gdzie zajął czwarte miejsce. W 2000 roku w Sydney indywidualnie w K-1 500 m zajął dziewiąte miejsce. Dużo lepszy był występ osady w K-4 1000 m, w której to wraz z Dariuszem Białkowskim, Adamem Seroczyńskim i Markiem Witkowskim, Grzegorz Kotowicz wywalczył brązowy medal.

W 2000 roku Grzegorz Kotowicz został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi.