Karierę siatkarską rozpoczęła w 1995 roku w Gwardii Wrocław. Po dziesięciu latach pobytu we wrocławskim klubie przeniosła się do Stanów Zjednoczonych. Za wielką woda najpierw uczyła się i trenowała w College of Southern Idaho, gdzie wraz z drużyną zdobyła tytuł Mistrza USA, Polka została również uhonorowana tytułem najlepszej siatkarki kraju w swojej kategorii. Od 2006 roku w University of South California jej trenerem został szkoleniowiec reprezentacji USA Mick Haley. W 2008 roku Joanna Kaczor wróciła do Polski, gdzie przez kolejny rok występowała w macierzystym klubie, z którym zdobyła awans do PlusLigi Kobiet. Zaś pierwszy tytuł Mistrza Polski siatkarka zdobyła w 2009 roku ze swoim kolejnym klubem Muszynianką Muszyną. Wraz z tym klubem zdobyła kolejne Mistrzostwo Polski w 2011 roku, jednak to niejedyne sukcesy przypadające na rok 2011. Wówczas Muszynianka Muszyna zdobyła Puchar Polski i Superpuchar Polski. W 2012 roku Joanna Kaczor zdobyła srebrny medal Mistrzostw Polski z Muszynianka Muszyna oraz  Superpuchar Polski, ale już z Tauronem MKS Dąbrową Górniczą. Z tymże klubem rok później Kaczor wygrała Puchar Polski oraz stanęła na drugim stopniu podium Mistrzostw Polski. W tym roku siatkarka również zajęła 2. miejsce Mistrzostw Polski, tym razem jednak ze swoją nowo-starą drużyną Impel Wrocław, jest to drużyna nosząca wcześniej nazwę Gwardii Wrocław. Zmieniły się czasy, władze drużyny jak i jej nazwa, historia jednak pozostała.

Do seniorskiej reprezentacji po raz pierwszy została powołana przez trenera Niemczyka w 2003 roku. Została powołana do kadry na Igrzyska w Pekinie przez trenera Marco Bonitta. Mimo słabych występów dostała również powołanie przez Jerzego Matlaka na Mistrzostwa Europy w Polsce w 2009 roku, gdzie nasza reprezentacja wywalczyła brąz. Po tych zawodach przeszła do włoskiej drużyny River Volley Piacenza, jednak szybko wróciła do Muszynianki Muszyna.

Dziś gra w rodzimym klubie Impel Wrocław, gdzie na sezon 2014/2015 została kapitanem drużyny.