W 2003 roku Kipchoge zdobył złoto w biegu przełajowym juniorów oraz na Mistrzostwach Świata w Paryżu. Rok później wywalczył brąz na Igrzyskach Olimpijskich w Atenach. Seria srebrnych medali rozpoczęła się wraz z Mistrzostwami Świata w 2007 roku.

Osiągnięcie 3000 metrów w czasie 7:27.72 czyni Eliudiego jednym z 10 najlepszych biegaczy, a wynik 12:46.53 na dystansie 5000 metrów – czwartym zawodnikiem w rankingu.

Po słabym występie na Igrzyskach Olimpijskich w 2012 roku, Kipchoge zdecydował się przejść na biegi uliczne. We wrześniu tego samego roku debiutując przebiegł półmaraton w Lille w czasie 59:25. Swój pierwszy maraton zakończył z nowym rekordem 2:05:30 na pierwszym miejscu. W swoim drugim maratonie, w którym brał udział w Berlinie zajął 2. miejsce z wynikiem 2:04:05, co dało mu 6. pozycję wśród najlepszych biegaczy. Później wygrał maratony w Rotterdamie i Chicago. 

Największym osiągnięciem Eliudiego była wygrana maratonu w 2015 roku, odbywającego się w Londynie, a następnie w Berlinie. 

Znakomite występy Kipchoge plasują go na liście obok Haile Gebrselassie oraz Paula Tergata. Eliud wyznaje zasadę starej szkoły, która głosi, by najpierw zaczynać od torów biegowych, a następnie przechodzić do maratonów. Jego występy na bieżni od 2003 do 2011 pomogły mu stać się silnym maratończykiem.