Od 1995 roku grał on w II lidze, ale wraz z drużyną szybko spadł i Michael spędził rok w lidze regionalnej. Później, w 1997 roku zmienił klub na drużynę awansującą do Bundesligi - 1. FC Kaiserslautern. Miał też, w Karlsruhe dwój debiut, jeśli chodzi o Bundesligę i pod koniec sezonu został wraz z drużyną sensacyjnie Mistrzem Niemiec. Po pierwszych doświadczeniach w Lidze Mistrzów i debiucie w niemieckiej drużynie narodowej doszło do spięcia z trenerem Jochenem Rehhagelem. Dlatego też Ballack przyspieszył swoje przejście do Bayer Leverkusen. Tam rozwijał się jeszcze bardziej i został kapitanem Bayeru i drużyny narodowej. Do 2002 roku przeżył tam kilka gorzkich rozczarowań. Dlatego też w tym samym roku ponownie zmienił klub i grał w barwach FC Bayern München, w którym to zdobywał Mistrzostwa i Puchar. Z powodu silnej krytyki przez Uli Hoeneßa postanowił odejść z drużyny i podpisał kontrakt z Chelsea. Tam rozwinął się do rangi gwiazdy niemieckiej piłki nożnej, zanim został nieprzyjemnie sfaulowany przez Kevina-Princa Boatenga, co przekreśliło jego szansę na udział Mistrzostwach Świata w 2010 roku, a także na dalszą karierę. Później Ballack nie powrócił już do swojej dawnej formy. Grał jeszcze w swoim dawnym klubie Bayerze Leverkusen, ale w 2012 roku ogłosił zakończenie kariery. Wtedy też podał do wiadomości, że chce zostać trenerem.